Le nettoyage n'existe pas dans la nature, il n'est donc pas impératif de le prévoir.

Espaces occupés par les oiseaux

Cependant, un nichoir peut être abandonné temporairement lorsqu’il y a trop de parasites, le nettoyer permet d’augmenter les chances d’occupation pour la saison suivante.

Si vous désirez le faire, ce n'est donc pas interdit, à condition de respecter quelques principes pour éviter de déranger.

• Le nettoyage doit se faire en automne. Mais attention, des petits rongeurs hibernent parfois les cavités et nichoirs (lérots, muscardins). Soyez prudents, veillez à ne pas les déranger. Le nettoyage est possible jusqu’au 1er mars maximum. À cette période, les oiseaux sont déjà bien actifs autour des nichoirs. S'ils se contentent de le visiter, vous pouvez encore le nettoyer. Mais si les oiseaux entrent déjà avec des végétaux, n’intervenez pas ! Vous le nettoierez à l'automne prochain.
• Enlevez l’ancien nid (les oiseaux en construiront de toute façon un nouveau l’année suivante). Débarrassez-le de la vermine parfois invisible qui s’y est installée en le nettoyant à l’eau chaude. 
• Pour les martinets, vous pouvez ajouter quelques brindilles ou fibre de chanvres par exemple.
• Ne traitez pas le bois avec des produits toxiques ou répulsifs. Utilisez simplement de l’huile de lin pour la protection et du brou de noix pour la couleur. Mais l'odeur d'huile de lin peut déranger les animaux, veillez donc a le faire plusieurs semaines avant la période d'occupation. 

Espaces occupés par les chauves-souris

Un nettoyage régulier permet de surveiller l’évolution du gîte. S’il est partiel, il permet de créer des zones témoins sur lesquelles le guano frais est aisément décelable. Un film plastique opaque, étendu sous l’emplacement de la colonie, de la poutre faîtière, des microgîtes et de la chiroptière, donne un même résultat et peut faciliter le nettoyage.

Le nettoyage sert également à limiter l’accumulation de déjections. L’abondance de poussière et de toiles d’araignées (signe d’une trop grande herméticité des combles) n’est pas appréciée des chauves-souris. Il est donc parfois recommandé de nettoyer des éléments de la charpente (pannes, chevrons, lambrissage…). Après un premier nettoyage sérieux, la fréquence de l’opération variera en fonction de la présence des chauves-souris et surtout de leur nombre. Pour une grosse colonie, un nettoyage annuel est nécessaire.

La forme et la taille des déjections permettent une détermination approximative des espèces. 

En outre, par un nettoyage fréquent, on obtient une information plus précise sur les animaux présents (quantité, mouvements).

À noter que ces déjections représentent un engrais très riche et facile à conserver.

Une observation minutieuse des planchers et des voûtes amène souvent la découverte de cadavres ou d’ossements qui permettront de déterminer l’espèce hôte.