Dans le mot biodiversité, on trouve bio (« vie » en grec) et diversité. Il s’agit donc de la diversité du vivant ; on pense en premier à la diversité des espèces d’animaux, de plantes, de champignons…
Les scientifiques considèrent cette diversité à trois niveaux qui s'emboîtent : la diversité génétique au sein d'une espèce, la diversité entre espèces dans un milieu donné, et la diversité des différents écosystèmes sur la planète. À cela s'ajoute la diversité des interactions des êtres vivants entre eux et avec leur milieu.  

À côté de ce sens premier, le mot biodiversité est souvent utilisé pour désigner l’ensemble des êtres vivants.

La biodiversité d’un milieu, c’est la diversité des êtres vivants qui l’habitent. Plus il y a « d’espèces » différentes, plus le réseau d’interactions est important, et donc plus la perte d’une « espèce » sera supportée facilement par l’ensemble des autres. Un milieu à grande biodiversité sera donc plus résilient, car plus à même de s’adapter aux changements ».

La résilience écologique désigne la capacité d'un système vivant à retrouver ou à conserver un état d'équilibre dynamique après une perturbation.