La toxicité des produits de traitement de charpente n’a été que très peu étudiée. Si l’interdiction des produits les plus toxiques pour la faune (DDT, lindane) semble éviter les pires catastrophes, le choix du produit destiné à traiter les charpentes mérite réflexion puisqu’il concerne directement les chauves-souris qui seront à proximité immédiate du produit et pourront même en ingérer des résidus, par léchage notamment.

Les produits à base d’huile, dépourvus d’insecticide de synthèse, mais très efficace contre les insectes, sont une bonne idée pour protéger le bois. Il suffit d’appliquer ces huiles assez épaisses pour le rendre impropre à la consommation par les insectes et venir à bout des larves déjà présentes. Ces produits se retrouvent sous des appellations variées : huiles dures, huiles minérales, traitement aux huiles naturelles, etc.

Dans les pesticides couramment vendus, les adjuvants et les synergies entre différents composés sont souvent plus toxiques pour les animaux que le principe actif lui-même. Il semble donc raisonnable d’utiliser un insecticide de type pyréthrénoïde de synthèse (perméthrine, cyperméthrine), peu toxique pour les mammifères, en phase aqueuse. Plusieurs marques proposent ce type de produits, qui se trouvent dans des magasins traditionnels.

Les traitements des charpentes, ou tout autre traitement chimique peuvent être réalisés indépendamment des conditions climatiques. Dès lors, il convient de traiter lorsque les espèces ne sont plus là, pour les chauves-souris : de la fin de l’automne à la fin de l’hiver s’il s’agit d’un site d’été. Mais attention, certains combles peuvent également être des sites d’hibernation.